El primer conquistador por estas tierras fue Diego de Almagro que retornó derrotado de su recorrido del Reyno de Chile. Acompañaban a Diego de Almagro de regreso al Cuzco dos evangelizadores llamados fray Antonio Rendon Sarmiento y fray Francisco Ruiz Castellano quienes en su recorrido fueron bautizando los poblados con la primera misa otorgándoles el nombre del santoral de la fecha, así: Pica fue el día de San Andrés, a Tarapacá el día de San Lorenzo, Arica el día de San Marcos, Azapa el día de San Miguel, Tacna el día de San Pedro, Tarata el día de San Benito. El segundo conquistador fue Pedro de Valdivia quien organizó campamentos en Arequipa, Tacna y Tarapacá antes de iniciar su recorrido hacia el sur del continente.
En 1565 el virrey Lope García de Castro creó el Corregimiento de San Marcos de Arica y del cual el pueblo de San Pedro de Takana formaba parte, siendo la autoridad principal el teniente corregidor.
Fue Pedro Pizarro quien sofocó la rebelión de Manco II en 1536 en las regiones de Chucuito, Moquegua, Tacna y Taparacá. Luego, se le entregarían al mismo Pedro Pizarro las encomiendas de Tacna y Arica mientras que la encomienda de Tarapacá a Lucas Martínez Vegazo.
En 1607 se tiene conocimiento que el teniente de corregidor es Don Juan de Frías. Entre 1607 y 1612, no se puede precisar la fecha exacta, se denomina al pueblo como San Pedro de Takana o Tacana, siendo el cacique principal de pueblo Pedro Quea. Los conquistadores modificaron el nombre primitivo de Takana por Tacna. Tacna era un caserío de nativos y mitimaes.
El Papa Paulo V, a pedido del rey de España , mediante la bula del 20 de julio de 1609, autoriza la creación del obispado de Arequipa, segregándolo del obispado del Cuzco.
El virrey Juan de Mendoza y Luna, marqués de Montesclaros, por auto del 17 de octubre de 1613 y encargo de del papa Paulo V y el rey Felipe III, hizo la división eclesiástica y política de Arequipa. Allí se establece que la demarcación de la nueva diócesis, integrada por 7 corregimientos: Arequipa, Collaguas, Condesuyos, Camaná, Vitor, Ubinas y Valle de Moquegua y Arica con la provincia de Tarapacá. Dentro del corregimiento de San Marcos de Arica, quedo incluido la parroquia de San Pedro de Tacna, a cargo de una cura y otras parroquias como Tarata, Sama, Ilabaya, Putina y Locumba.
Se puede inferir que el auto del virrey Juan de Mendoza y Luna, de fecha 17 de octubre de 1613, que establece la creación de San Pedro de Tacna como parroquia, se podría considerar como la fundacion española del pueblo. Intervino en la ejecución del mandato del virrey, el Deán de la iglesia de Arequipa, don Pedro Ordaz de León.[3] [4] El primer párroco fue Pedro Tellez, quien hizo levantar el primer templo. Siguen como parrocos: Pedro Manrique, Luis Arias y Diego Armenta. El quinto parroco, Melchor Mendez, hizo levantar un nuevo el templo dedicado a San Pedro apóstol en 1679.
Hacia 1777 el corregimiento de Arica estaba integrado por Ilo, Tacna, Arica, Iquique, Pica, Ilabaya, Tarata, Codpa.
En noviembre de 1780, la rebelión de Túpac Amaru II se extendió por todo el sur del Perú incluyendo Tacna y Arica bajo el mando de los jefes Alí y Buitrón quienes ocuparon Pachía, Tacna, Codpa y Arica.
En 1787, Por real cédula de Carlos III, fueron suprimidos los corregimientos en el Virreinato del Perú con el fin de evitar los abusos que los corregidores cometian con los nativos. El corregimiento de Arica había durado 222 años. El primer corregidor fue Francisco Rodriguez Almeida, y el ultimo, Fernando Inclán y Valdez.
Con la nueva demarcación política y sobre la base de los obispados, se crearon las intendencias, que se subdividieron en partidos. Dentro de la Intendencia de Arequipa se considero el partido de Arica, siendo la primera autoridad el subdelegado. Tacna y pueblos aledaños quedaron incluidos en el partido de Arica, cuya capital era la ciudad de San Marcos de Arica.
Con motivo de las incursiones de piratas, de maremotos, de fiebres palúdicas en el puerto de Arica, las cajas reales y el subdelegado de Arica se trasladaron al pueblo de Tacna. Las autoridades virreinales preferian trasladarse a caballo, de Tacna a Arica, recorriendo por camino de herradura las diez leguas de distancia aproximadamente, entre ambos lugares.
El 20 de junio de 1811, Francisco Antonio de Zela, tomó los cuarteles virreinales de Tacna como Comandante Militar de la Unión Americana, nombrando al curaca Toribio Ara, jefe de la división de caballería. La rebelión fue desmantelada luego de conocerse la derrota de los argentinos en la batalla de Guaqui, siendo tomado preso Zela y desterrado a Panamá.
Con la constitución aprobada y jurada por las Cortes de Cádiz en 1812, se dispuso la elección de ayuntamiento en América.
El 4 de julio de 1813, se eligen a la junta electoral integrada por 17 personas en la casa Parroquial de Tacna. El domingo 11 de julio de 1813, reunidos en la casa del gobernador teniente coronel Antonio de Rivero la junta eligió al primer ayuntamiento de Tacna y fueron: Manuel Calderon de la Barca (Alcalde primero), Nicolas Buteler (Alcalde segundo), Manuel Vicente Belaunde, Pedro Alejandrino Barrios, Cipriano de Castro, Alejo Bustios, Mariano Coronel Zegarra, Bonifacio Quelopana, Sebastian Romero (Regidores), Toribio Ara (Cacique y gobernador de naturales), José Barrios y Hurtado (Síndico Primero), Juan Flores (Síndico Segundo).
El 3 de octubre de 1813 el tacneño Juan Pallardelli fue emisario de Manuel Belgrano coordinando el alzamiento de Enrique Pallardelli en Tacna y de Enrique Peñaranda en Tarapacá. Sería en la batalla de Camiara donde el realista José Gabriel de Santiago derrotaría a los independentistas que huyeron al Alto Perú. En el movimiento de Pallardelli participa el alcalde Calderón de la Barca y José Gómez.
En 1814 las huestes indepentistas de Mateo Pumacahua llegan hasta las proximidades de Tacna. El subdelegado virreinal Moscoso, se retira hacia el puerto de Ilo.
En 1821 desembarcó en Arica parte del ejército independentista al mando de Guillermo Miller, organizando una fuerza militar compuesta por patriotas de Moquegua, Tacna y Arica. El 14 de mayo de 1821 ingresó a Tacna donde dos regimientos realistas se les unieron denominándose la fuerza "Los independientes de Tacna".
El 28 de julio de 1821 José de San Martín declaró la independencia del Perú.
El 17 de junio de 1823 desembarcaron en Arica las fuerzas realistas al mando de los generales Agustín Gamarra y Andrés de Santa Cruz.
